ต่างกับระบบเฟลมเซลล์ เพราะระบบเฟลมเซลล์ยังไม่มีเส้นเลือดมาเกี่ยวข้องด้วยแต่ระบบเนฟริเดียมี เส้นเลือดมาเกี่ยวข้อง ทำให้มีโอกาสได้แลกเปลี่ยนโดยตรงระหว่างเลือดและอวัยวะขับถ่าย
ไส้เดือนดินมีลำตัวแบ่งเป็นปล้องๆ ภายในมีเยื่อบางๆ กั้นระหว่างปล้องทำให้แต่ละปล้องแยกออกจากกัน ในแต่ละปล้องจะมีอวัยวะขับถ่ายอยู่คู่หนึ่งเรียกว่า เนฟริเดีย(nephridia เอกพจน์ nephridium) อวัยวะขับถ่ายแต่ละข้างไม่ติดต่อถึงกัน ต่างก็มีท่อเปิดสู่ภายนอกโดยตรง ปลายข้างหนึ่งของเนฟริเดียแต่ละอันเปิดอยู่ในช่องว่างของลำตัวที่ปลายเปิด นี้มีขนเล็กๆ อยู่โดยรอบและมีลักษณะเป็นปากแตร เรียกว่า เนโฟรสโตม(nephrostome) จากนี้ก็จะมีท่อขดไปมาตอนปลายท่อจะพองใหญ่ออกคล้ายถุง เรียกแบลดเดอร์ (bladder) ปลายของแบลดเดอร์เปิดออกสู่ภายนอกที่บริเวณซึ่งมีหลอดขดไปมา มีเส้นเลือดฝอยแผ่อยู่เต็ม ของเสียจากช่องว่างของลำตัวเข้าสู่เนฟริเดียทางเนโฟรสโตมนอกจากนี้สาร บางอย่างจะถูกดูดจากเส้นเลือดเข้าสู่หลอดขับถ่ายเล็กๆ ที่ขดไปมาด้วยและเชื่อกันว่าที่บริเวณนี้อาจสามารถดูดเอาสารบางอย่างจากหลอด ขับถ่ายกลับเข้าสู่เลือดได้ด้วย การขับของเหลวออกสู่ภายนอกร่างกายส่วนใหญ่ขึ้นอยู่กับการบีบตัวของกล้าม เนื้อรอบผนังลำตัวในขณะที่ไส้เดือนเคลื่อนที่